孔圣堂制药有限公司前身起源于嘉庆年间“宝仁堂”老药铺（四大老药铺：北京同仁堂，山东宝仁堂，山西广誉远，杭州胡庆余堂），老药铺秉承孔孟文化，儒家五常“仁、义、礼、智、信”为根本，服务与“孔孟两大家族”为孔孟家族提供传统工艺制药，历经百年长盛不衰，至今近200年的历史，是一家中医药世家传承企业，同时也是中药百强企业、中华老字号，并荣获国家级非物质文化遗产。
     宝仁堂位于山东曲阜，历史悠久，环境优美文化底蕴深厚，曹家老药铺"宝仁堂”名杨四方的民间百年老药铺。据记载曹家老药铺是清朝嘉庆二十五年曹氏先祖，在曲阜建立起来民间家庭药铺，主要服务于“孔孟两大家族”，是集中医、中药、医具于一体的商号、药铺，它不仅有医道高明的坐堂先生，而且所制丸散膏丹皆货真价实，载誉民间，是曲阜当地有文字记载，历史悠久，最古老的药铺之一。曹家老药铺开业初有房屋四五间，干净整洁，自配成药，很快宝仁堂因善心仁术，医技高超，配药方便而曰益远播。门楣悬挂堂号"宝仁堂"，两侧明柱上，抱柱楹联黑底金字，上联：但愿世间无人病，下联：哪怕架上药生尘。中堂高挂：仁心济世，的匾额，显示药铺仁德为本的善念。      百年以前的封建社会，医药界形成了严格的等级服务制度，王公贵族，文臣武将都有自己独立的一套医疗服务体系，普通百姓人命如草芥，根本接触不到直接有效的治疗方法与药材。在这种背景下，医药界圈内流传着这样一句话“北有京城同仁堂，南有山东孔圣堂”，对于两大药铺的评价可见一斑。同仁堂服务的对象，主要是京城的王公大臣，皇亲贵胄。然而孔圣堂服务的对象主要是封建时期被统治者尊为“衍圣公”的孔孟家族！
     自汉武帝时期董仲舒提出“罢黜百家，独尊儒术”时起，儒家思想便成为中华民族繁衍生息，统治者立法治世的道德准则，虽然千年来各朝迭代，战乱与和平交替，但是历朝历代对于圣人孔子以及“亚圣”孟子的后人倍加礼遇，世袭传承各种爵位，特别是孔子后人，自汉朝孔子8世孙孔腾始，便有世袭“奉祀君”的称号，后至宋朝，爵位更名为“衍圣公”，封号沿袭千年之久，至1935年末代衍圣公孔德成止，孔孟后人在朝廷及民间具有崇高威望，饮食起居，医疗生死，均由朝廷派专人伺候，不事农桑，不问政事，却也可高居庙堂之上，地位极其崇高。孔孟家族的医疗服务，自清朝嘉庆时期，便开始由“宝仁堂”（后更名孔圣堂）开始负责，孔圣堂专治危重温病的中药三宝：安宫牛黄丸，紫雪丹，至宝丹，让孔孟家族福寿绵长，当时中国人的平均寿命仅有45岁，而孔孟家族的平均寿命，却高达78岁！
     文革期间由黄氏家族接管经营，黄氏家族心地仁厚，乐善好施，秉承延续孔孟圣贤精神内核“博爱、正义、诚实、守信”等思想，将“孔孟”思想中“仁”、“义”之道作为“宝仁堂”立基和发展根本，将“东方君子之国、邹鲁圣贤之乡”传统美德与传统中医药世家为“天下百姓·生命护航”之使命融会贯通，发扬光大，并于1998年创建孔圣堂制药有限公司。现以在全国开设多家分支药厂，如：山东邹城孔圣堂制药有限公司、香港黄氏制药有限公司、河北邢台扁鹊制药有限公司、陕西西安孔圣堂制药有限公司、河北唐山孔圣堂制药有限公司等。